Регулярные авиалинии действуют в городе с 1938 года. Из Международного аэропорта «Уфа» выполняются регулярные внутренние рейсы в 27 городов России, а также регулярные и чартерные международные рейсы в города Хургада, Шарм-эль-Шейх, Анталья, Барселона, Даламан, Стамбул, Ташкент, Худжанд, Бангкок, Душанбе, Ереван, Римини, Тель-Авив, Ларнака, Гоа, Дубай.
Кроме того в черте города находится спортивный аэродром «Забельский». Уфа — единственный город в мире, чей код аэропорта (ufa) совпадает с названием города.